A foltos hajhullás hátterében az autoimmunitás áll, a folyamat során az immunrendszer megtámadja a szőrtüszőket, ezáltal kopasz foltokat eredményezve, nemcsak a fejbőrön, hanem a test más szőrrel borított területein is, azonban a nem érintett területeken nem csökken a szőr sűrűsége. Az alopecia areata megjelenése összefügghet más autoimmun betegségekkel, az esetek nagy részében pajzsmirigyproblémákkal, ezért a kivizsgálás elengedhetetlen része a kezelésnek.
Kutatások alátámasztják ugyanakkor, hogy a genetika körülbelül 70%-ban felelős a foltos hajhullás kialakulásáért, ha az egyik szülő élete során bármikor kialakult a foltos hajhullás, nagy eséllyel a gyermeknél is ki fog alakulni élete során, azonban ez nem törvényszerű.
Bizonyos betegségek tovább növelik az alopecia areata kockázatát és gyakran együtt járnak foltos hajhullással. Ilyen betegség az atópiás dermatitis, a szénanátha, az allergiás asztma és a Down-szindróma is. Elmondható, hogy minden tizedik Down-szindrómában szenvedő embernél jelentkezik élete során foltos hajhullás, ugyanakkor az is bizonyított, hogy a gyermekeknél fellépő D-vitamin hiány is összefüggésben áll a foltos hajhullás megjelenésével.
A kezelések mihamarabbi megkezdése és az okok felderítése kiemelt fontosságú ezekben az esetekben. Fontos tudni, hogy a foltos hajhullás visszafordítható, azonban újból jelentkezhet, akár évek elteltével is, így újabb terápia is szükségessé válhat.
Gyermekeknél bár a legjellemzőbb a foltos hajhullás, már fiatal korban előfordulhat az androgén alopécia, vagyis a férfias típusú hajhullás és a telogén effluvium is. Az előbbi kialakulásában genetikai faktorok játszanak szerepet, örökletes kopaszodásról beszélhetünk, míg az utóbbi kiváltója nagy arányban környezeti hatásokra, nagymértékű stresszre vagy a nem megfelelő táplálkozásra vezethető vissza.